V JMRI definujeme nejčastěji vlastní akce pomocí Logix. Je to pohodlné, ale při složitějších závislostech to může být pracné.
JMRI podporuje skriptování v programovacím jazyku Jython. Tomu, kdo má alespoň základní znalosti z programování, to dává do rukou velmi mocný nástroj. Může si tak modifikovat již existující služby systému JMRI nebo vytvářet služby nové, aniž by musel zasahovat do zdrojového kódu programu JMRI.
Úvod do skriptů Jython v JMRI https://sites.google.com/site/sidloweb/jmri/10-jython/01-prvni-kroky