Kdysi jsem tenhle problém řešil taky. Nakonec po dlouhém a obtížném mozkovém hloubání a dloubání mě napadlo schémátko na obrázku. Je to insiprováno zapojeními z knížky "Automatizace modelové železnice" a "Styk dvou napaječů na kolejišti" (Trainmania.cz). K napájení měla sloužit FZ1 upravená na dvojité napájení, tj. +0- (tři výstupní svorky s nulou, kladným a záporným napětím). Měl jsem připravené už i pulsní ovladače do každé větve, ale nakonec kolem mě šly hodně levně dva Roco DCC start sety, tak jsem to už nedodělal a stavím digitál.
Dvojitý napaječ má jednu zásadní výhodu - pro elektrická zapojení stačí řezat jen jednu kolejnici a všechny přepínače trakce jsou jenom jednopólové (na nedělenou kolejnici můžeš zapojit "nulu" od všech napáječů na kolejišti), přepíná se jen druhá svorka.
A teď k zapojení:
Základem je to, že napájíš vždy bod v záhlaví před rozvětvením staničních kolejí. Pomocí relátek zapojených na zpětný ohlas výhybek napájíš z tohoto bodu jen kolej, na kterou je postavená vlaková cesta. Vlak na jejím konci zastaví automaticky, pokud odjezdové návěstidlo ukazuje "Stůj". Po přehození polarity lokomotiva z posledního úseku nikam neodjede, protože diody jsou pólované tak, že se tam napětí z původního napájecího bodu nedostane. Pokud tohle propojíš se zabezpečovacím zařízením staničním i traťovým, bude to vysoce blbuvzdorné (třeba blokování odjezdu do chvíle, než má trať správnou polaritu, aby vlak na "Volno" nezačal od návěstidla couvat atd.). Lze to dokonce zapojit na dva různé napáječe - na každém zhlaví jeden. Diody zajistí oddělení napáječů mezi sebou, takže přejezd bude automatický a bez zkratů.
Relé ReA1+, ReA1-, ReB1+ a ReB1- zajišťují přepínání polarity na daném úseku. Relé S1 a L1 jsou relé odjezdových návěstidel příslušného úseku, relé 1 a 2 přepínají napájení na kolej, kam je postavena vlaková cesta. Pokud by se podařilo postavit protisměrné vlakové cesty na tutéž kolej (z téže koleje), dojde ke zkratu, proto je dobře toto ošetřit v SZZ (ostatně skutečné SZZ má současné vjezdy na tutéž kolej blokovány).
Svorky "+" a "-" slouží k připojení kladného a záporného napětí, ke svorce W se připojuje ovladač pro napájení posunu (obyčejná FZ1).
Myslím, že by to šlo upravit i pro tvůj případ (jeden neupravený napáječ), jenom budeš muset uvažovat relé se dvěma přepínacími kontakty tam, kde je kreslený jeden spínací kontakt.